Auf den heutigen Staatsgebiet Ecuadors lebten zwischen 12.000 v. Chr. und 1.500 n. Chr. die älteste bekannte Kultur in Amerika, Valdivia und Machalilla. Es wird angenommen, dass asiatische Nomaden ungefähr 12.000 v. Chr. den südamerikanischen Kontinent erreichten und später ansässig wurden. Die Region wurde im 15. Jahrhundert von den Inkas eingenommen die über den Gebiet des heutigen Ecuadors herrschten.
Im Jahr 1526 landeten die Spanier in Nordecuador und nahmen das Land komplett ein. Trotz heftiger Widerstände seitens der Inka gelang es den spanischen Eroberern die Inkas zu unterdrücken und erste Kolonien zu gründen. Die heutige Hauptstadt Quito wurde 1534 gegründet. Bis zum Jahr 1739 wurde Ecuador von Lima aus regiert, bis es dem Vizekönigreich von Kolumbien unterstellt wurde. Im Laufe der Jahre entwickelte sich eine kreolische Mittelschicht, die einige Versuche startete Ecuador von der spanischen Herrschaft zu befreien. Am 10. August 1809 wurde in Quito die erste Unabhängigkeitserklärung auf lateinamerikanischen Boden ausgerufen. Die endgültige Unabhängigkeit wurde jedoch von Simón Bolívar am 24. Mai 1822 erreicht und die Truppen von Antonio José Sucre geführt
Die ersten Jahre der Republik erwiesen sich als instabil und wurden von vielen Machtkämpfen beeinträchtigt. Der erste Präsident wurde Juan José Flores, der während seiner Regierungszeit die erste Verfassung entwarf. Quito wurde zur Hauptstadt von Ecuador und der Katholizismus zur offiziellen Religion des Landes. In der Amtszeit von José María Urbina in den Jahren 1851 bis 1852 schenkte er allen Sklaven in Ecuador die Freiheit und erklärte das Recht, dass alle Ecuadorianer vor dem Gesetz gleich sind.
Mit der Regierungszeit von Gabriel Garcia Moreno begann eine Ära des Konservatismus. Er war ein konservativ-katholischer Politiker, der einen autoritären Regierungsstil pflegte, aber insbesondere das Bildungswesen und die öffentliche Infrastruktur des Landes modernisierte. Außerdem unterdrückte er politische Gegner mit harten Maßnahmen und strebte an Ecuador an fundamentalchristlichen- katholischen Werten auszurichten. Im Jahr 1875 wurde er ermordet. Am Ende des 19. Jahrhunderts florierte die Wirtschaft des Landes, insbesondere durch den Kakaoexport.
Die 30er und 40er Jahre des 20. Jahrhunderts wurden durch politische Instabilität geprägt. Im Jahr 1941 nahm Peru Ecuador und das Land verlor die Kontrolle über einen großen Teil seines legitimen Amazonas Territorium. Noch bis heute sind die Grenzstreitigkeiten der beiden Länder nicht geklärt. Nach dem zweiten Weltkrieg erlebte die ecuadorianische Wirtschaft einen Aufschwung, das es dem Bananenexport zu verdanken hat. Die Jahre zwischen 1948 und 1960 wurden von Frieden und Wohlstand geprägt. Peru attackierte im Jahr 1979 Ecuador und nahm Paquisha, Mayaycu und Machinaza ein.
In der Regierungszeit von Rodrigo Borja, von der demokratischen Linkspartei verlor Ecuador Pachacutec an die peruanische Regierung, welche sich nicht an den „Gentlement´s-Pakt“ hielt. Während der Amtzeit von Durán Ballén wurden die Beziehungen zu den USA weiter ausgebaut und viele Modernisierungsinitiativen eingeführt, welche makroökonomische Taktiken enthielten. Im Gebiet des Alto Cenepa Flusses versuchten peruanische Kräfte eine Inavsion, die jedoch misslang.
Abgesehen von den Grenzkonflikten zwischen Peru und Ecuador blieb es in Ecuador in den letzten Jahren und gilt heute als eines der sichersten Länder in Südamerika.